本发明公开一种利用经典的蛋白质亲和纯化手段结合灵敏的质谱分析，鉴定细胞内与 MTDH发生原位结合的代谢物小分子的方法。具体采用表面装载链霉亲和素的琼脂糖珠，对细胞内表达有生物素片段的融合 MTDH 蛋白以及对照空载体表达蛋白进行亲和富集，同时结合蛋白免疫印迹实验证实蛋白质的亲和纯化结果，通过提取体系内代谢物并进行质谱鉴定，比较对照蛋白组与融合 MTDH 蛋白组的代谢物丰度差异，从而鉴定出可能与 MTDH 相互作用的代谢物，为后续深入展开生物大小分子功能相互干预相关研究提供指导。